Das Naturmuseum zeigt dem Besucher in 26 sogenannten Dioramen die typische Landschaft des Biosphärenreservats Rhön mit ihrer charakteristischen Tier- und Pflanzenwelt. Im Eingangsbereich begrüßt Sie der imposante Elch "Ludwig" und sorgt nicht nur bei Kindern für große, staunende Augen. Im Sommer ist ein lebender Bienenstock zu beobachten. Im OG befindet sich außerdem eine große Ausstellungsfläche mit wechselnden Sonder- bzw. Kunstausstellungen.
Das Museum beherbergt die Kasse sowie den Museumsshop und befindet sich nur 50 m vom Freilichtmuseum entfernt in dem historischen als "Neuen Bau" bezeichneten Gebäude.